As funções disponíveis no WeDJ para iPhone diferem conforme o controlador ligado?

Sim.
Para mais informações, consulte a INFORMAÇÃO DO SOFTWARE na página de apoio de cada controlador.

DDJ-200
https://www.pioneerdj.com/en/support/software-information/controller/ddj-200/#wedj-for-iphum
DDJ-WEGO4/DDJ-WEGO3
https://www.pioneerdj.com/en/support/software-information/controller/ddj-wego4/# wedj