É possível silenciar um som específico depois de criar um loop com a função overdub do X-PAD?

Sim.
Quando usar a função overdub, prima o botão [X-PAD FX] para o som que deseja silenciar enquanto prime o botão [HOLD (MUTE)] para silenciar esse som. Quando pressionar novamente o botão [X-PAD FX] para o som que está silenciado enquanto pressiona o botão [HOLD (MUTE)], o silenciamento será cancelado.