Existe alguma diferença nos formatos dos ficheiros de áudio no rekordbox DJ (modo de performance) e no rekordbox (modo de exportação) quando se utiliza o XDJ-RX2?

Sim.
Os formatos de ficheiro suportados são os seguintes:
1. rekordbox DJ (modo de performance)
Os formatos de áudio de alta resolução tais como FLAC e ALAC são suportados, porque  rekordbox DJ suporta estes formatos.
Veja aqui mais detalhes.
2. rekordbox (modo exportação)
O formatos de áudio de alta resolução tais como FLAC e ALAC não são suportados, porque o XDJ-RX2não suporta estes formatos.
Para mais pormenores, consulte aqui.