ver. 6にアップデートした後で楽曲のホットキューやグリッドを再び設定する必要がありますか？

再度、設定する必要はありません。

初回起動時に実行されるライブラリの変換(または、[ファイル] ＞ [ライブラリ] から [ver. 5以前のライブラリを引き継ぐ] を実行)にて、楽曲のホットキューやグリッドの情報、プレイリストの情報など全てのライブラリに関するデータが引き継がれます。