SAMPLERのOVERDUB でループを作った後に特定の音だけをミュートすることはできますか？

はい。

OVERDUB 使用時に[HOLD/MUTE]ボタンを押しながらミュートしたい音がアサインされたスロットの[SAMPLE TRIGGER]パッドを押すと、そのスロットがミュートされます。ふたたび[HOLD/MUTE]ボタンを押しながらミュートされている [SAMPLE TRIGGER]パッドを押すとミュートが解除されます。

[SAMPLE TRIGGER]パッドではなく[SAMPLE ROLL]ボタンで同様の操作をすると、選択中のスロットに対する[SAMPLE ROLL]の効果がミュートされます。