MULTI I/Oセクションの1/4"Jackを使用中にDJM-RECで録音可能ですか？

可能です。MULTI I/OセクションのSOURCEに関わらずDJM-RECは使用できます。
MULTI I/Oセクションの1/4"Jackに接続された外部エフェクターを使用している時もDJM-RECで録音することができます。
※Lightning端子を持つiPhoneおよびiPadでは動作しません。USB-C端子をもつiPhoneおよびiPadをご利用ください。