X-PAD のOVERDUB でループを作った後に特定の音だけをミュートすることはできますか？

はい。

OVERDUB 使用時に[HOLD (MUTE)]ボタンを押しながらミュートしたい音の[X-PAD FX]ボタンを押すとミュートされます。再び[HOLD (MUTE)]ボタンを押しながらミュートされている[X-PAD FX]ボタンを押すとミュートが解除されます。