[X-PAD FX]の発音をしないで[X-PAD]に有効な音を変更することはできますか？

はい。

[HOLD(MUTE)]ボタンを押しながら[X-PAD FX]ボタンを押すと、[X-PAD FX]ボタンの音を発音させずに選ぶことができます。