コレクションに登録してある楽曲ファイルのファイル拡張子を変更しました。変更はコレクションに反映されますか？

できません。変更後の楽曲ファイルを再度コレクションにインポートしていただく必要があります。
※ファイル拡張子を変更すると波形、時間、キューポイント等のデータに変化が生じるため、変更前のデータをそのままご使用いただくことができません。

また、ファイルが見つからない状態となっている場合も、再配置や自動配置を行うことができません。