楽曲がない映像ファイルと映像がない音楽ファイルを1つのファイル(映像つき音楽ファイル）へ変更する事は可能ですか？

rekordboxには複数のファイルを合成する機能はありません。ただし、LINK機能で、楽曲ファイルと映像ファイルをひも付けることは可能です。詳細は、rekordbox videoのマニュアルを参照してください。