C'è qualche differenza nei formati dei file audio su Rekordbox DJ (modalità Performance) e Rekordbox (modalità Export) quando utilizzo XDJ-RR?

Sì.
I formati di file supportati sono i seguenti:
1. Rekordbox DJ ( modalità PERFORMANCE ):
sono supportati i formati audio ad alta risoluzione come FLAC e ALAC, perché Rekordbox DJ supporta quest formati di file.
Vedi qui per i dettagli.
2. Rekordbox ( modalità EXPORT ):
i formati audio ad alta risoluzione come FLAC e ALAC non sono supportati, perché XDJ-RRnon supporta quest formati di file.
Vedi qui per i dettagli.