C'è qualche differenza nei formati dei file audio su Rekordbox DJ (modalità Performance) e rekordbox (modalità Export) quando si utilizza XDJ-RX2?

Sì.
I formati file supportati sono i seguenti:
1. rekordbox DJ ( modalità PERFORMANCE )
Sono supportati  formati audio ad alta risoluzione come FLAC e ALAC, perché rekordbox DJ supporta tali formati file.
Vedi qui per i dettagli.
2. rekordbox ( modalità EXPORT )
I formati audio ad alta risoluzione come FLAC e ALAC non sono supportati, perché XDJ-RX2non supporta tal formati file.
Per i dettagli, fare riferimento qui.