¿Es posible silenciar un sonido específico después de crear un loop con la función de sobre-grabación del X-PAD?

Sí.
Cuando utilices la función de sobre grabación, presiona el botón [XP AD efectos] para el sonido que deseas silenciar mientras presiona el botón [HOLD (MUTE)] para silenciar ese sonido. Cuando el botón [X-PAD efectos] para el sonido que está silenciad se vuelve apresionar mientras se presiona el botón [HOLD (MUTE)], el silencio se cancela.