¿Hay alguna diferencia en los formatos de archivo de audio en Rekordbox DJ (modo de rendimiento) y rekordbox (modo de exportación) cuando se usa XDJ-RR?

Sí.
Los formatos de archivo admitidos son los siguientes:
1. rekordbox DJ ( modo PERFORMANCE )
Se admiten formatos de audio de alta resolución como FLAC y ALAC, porque rekordbox DJ admite esto formatos de archivo.
Consulta aquí para obtener más detalles.
2. rekordbox (modo EXPORTAR )
Los formatos de audio de alta resolución como FLAC y ALAC no son compatibles, porque XDJ-RR no admite esto formatos de archivo.
Para obtener más información, consulta aquí.