¿Hay alguna diferencia en los formatos de archivo de audio en Rekordbox DJ (modo de rendimiento) y rekordbox (modo de exportación) cuando se usa XDJ-RX2?

Sí.
Los formatos de archivo compatibles son los siguientes:
1. Rekordbox DJ ( modo PERFORMANCE )
Se admiten formatos de audio de alta resolución como FLAC y ALAC, porque rekordbox DJ es compatible conestos formatos de archivo.
Consulta esto para obtener más información.
2. Rekordbox ( modo EXPORTAR )
No se admiten lo formatos de audio de alta resolución como FLAC y ALAC, porque XDJ- RX2 no es compatible con estos formatos de archivo.
Para obtener más información, consulta esto.