¿Hay alguna diferencia entre lo que se puede hacer con un dispositivo móvil (smartphone o tableta) conectado por Wi-Fi (inalámbrico) y con una conexión USB (por cable)?

No, no las hay.

Con cualquiera de los dos métodos de conexión, rekordbox (iOS/Android) instalado en el aparato móvil se puede usar para actuaciones de DJ usando las pistas del aparato móvil.